Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme

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Unlocking your NGS-Data Skills: NGS Datenanalyse und Workflow-Managementsysteme

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Beschreibung

Zur Beantwortung von biologischen und medizinischen Fragestellungen wird eine effektive und hochqualitative Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) immer wichtiger. Ermöglicht wird dies durch die neuesten Technologien des Next-Generation Sequencing, weshalb bioinformatische Fähigkeiten im Umgang mit besonders großen Datenmengen immer mehr gefragt sind.

In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung werden Ihnen die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse vermittelt. Hierbei geht es sowohl um den richtigen Umgang mit großen Datensätzen und Datenformaten als auch um die selbständige Anwendung von Workflow-Managementsystemen. Sie werden eigenständig NGS-Workflows von der Qualitätskontr…

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Zur Beantwortung von biologischen und medizinischen Fragestellungen wird eine effektive und hochqualitative Datenanalyse von genomischen Informationen (DNA) immer wichtiger. Ermöglicht wird dies durch die neuesten Technologien des Next-Generation Sequencing, weshalb bioinformatische Fähigkeiten im Umgang mit besonders großen Datenmengen immer mehr gefragt sind.

In dieser (berufsbegleitenden) Weiterbildung werden Ihnen die wichtigsten Aspekte der NGS-Datenanalyse vermittelt. Hierbei geht es sowohl um den richtigen Umgang mit großen Datensätzen und Datenformaten als auch um die selbständige Anwendung von Workflow-Managementsystemen. Sie werden eigenständig NGS-Workflows von der Qualitätskontrolle bis zum Variant Call in Galaxy entwickeln und in der Lage sein, diese mit einfachen Bash-Befehlen über die Linux-Kommandozeile in Snakemake zu übertragen.

Hinweis: Diese Weiterbildung wird lediglich in englischer Sprache durchgeführt. Wir beraten Sie gerne über Ihre Teilnahmemöglichkeiten.

Inhalte der Weiterbildung:

1. Analyse von NGS-Daten

  • Rohsequenz-Format FastQ
  • Rohsequenz-Qualitätskontrolle (DNA/RNA) mit FastQC
  • Adapter Clipping und Quality Trimming (z. B. Trimmomatic, Cutadapt)
  • Read-Mapping mit Bowtie2, BWA-MEM
  • Mapping-Formate SAM/BAM
  • Mapping-Statistik (samtools)
  • Mapping-Qualitätskontrolle (Qualimap)
  • Duplikat-Entfernung und Filterung von gemappten Reads (samtools, Picard)
  • Erstellung von Qualitätskontrollberichten mit MultiQC
  • Variant-Call (bcftools, freebayes, GATK)
  • Variant-Call-Format VCF
  • Visualisierung von gemappten Reads und Varianten mit dem Genombrowser IGV (Integrated Genomic Viewer)

2. Einstieg in Kommandozeilen-Tools und Software-Management

Einrichtung und Verwaltung von Softwareumgebungen

  • Installation und Steuerung von Softwarepaketen mit Conda

3. Vorstellung von Workflow-Management-Systemen

  • Galaxy (browserbasiert)
  • Snakemake (skriptbasiert, Kommandozeile, einfache Bash)

 

Voraussetzungen:

Fachliche Voraussetzungen:

  • Grundsätzliche Kenntnisse der Molekularbiologie, besonders der Genetik/Genomik.
  • Grundverständnis von Molekular-/Sequenziertechnologien (PCR, DNA-Bibliotheken, Illumina-Sequenzierung).
  • Programmierkenntnisse sind nicht erforderlich, allerdings Interesse am Erlernen des Umgangs mit Kommandozeilen-Tools.

Technische Voraussetzungen:

  • Computer mit freiem Festplattenspeicherplatz von min. 30 GB.
  • Linux (Ubuntu) oder Mac OSX als Betriebssystem.
  • Ein aktueller Browser (Firefox oder Chrome).

Online-Teilnahme - den Seminarraum nach Hause holen.

CQ bietet Ihnen die Option auch Online an der Weiterbildung teilzunehmen.Technische Voraussetzungen für die Teilnahme sind eine stabile Internetverbindung, ein Mikrofon, Lautsprecher bzw. ein Headset für eine optimale Tonqualität sowie mindestens ein großer Bildschirm.

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